合意事項では，新利水計画について，ダムによる取水に限らず，他の水源可能性についても調査を行うこと，計画の規模等については予断を持たずに臨むことが確認され，「はじめにダムありき」で始まった変更計画を見直して，新しい計画を策定することが基本方針となった。
４ 意見交換会と関係農家の意見書
合意事項に基づいて，７月１１日の人吉市を皮切りに，八月六日の錦町まで合計１０ヶ所で第一回意見交換会が開催された。意見交換会では，九州農政局，原告団・弁護団から，それぞれ裁判の経緯，新利水計画の合意事項などについて説明を行い，原告団・弁護団は，今後の新利水計画は，「農家が主人公」という農政の基本原則に則って行われるべきだと訴えた。
第１回意見交換会で集められた関係農家の意見書によれば，「川辺川ダムは必要」と回答した者は，全体の四％に過ぎなかった。
９月２２日から１０月２１日まで，合計４３ヶ所で第２回意見交換会が開催された。第２回意見交換会は，関係団体が集落単位で関係農家との意見交換を行い，新利水計画に関する様々な意見を聞くことを目的として開かれた。これを踏まえて，１１月２４日から１２月１３日まで，合計２３ヶ所で第３回意見交換会が開催された。第３回意見交換会では，新利水計画の水源案について関係農家に対するアンケートを実施したうえで，２〜３のたたき台を作成することを目的として行われた。関係農家のアンケートの結果，水源について「川辺川ダムが良い」と回答した者は，全体の２２.６％に過ぎないことが明らかになり，川辺川ダムを前提とした新利水計画は実現が難しいことが公になった。
５ 今後の新利水計画
コーディネーターの熊本県は，２００４（平成１６）年３月に第４回意見交換会を開催し，関係農家の水源に関する意見を集約して，水源を一つに絞り込む予定である。その際には，川辺川ダムを前提とした利水計画は崩壊し，新たな水源をもとにする計画策定が課題となる。
新利水計画は，「農家が主人公」という農政の基本原則に則って行われており，意見交換会では毎回詳細な資料と説明が行われている。新利水計画は，民主主義と情報公開を徹底しながら新たな公共事業の在り方を模索する農民の闘いである。